Do marca 1940 r., jego miejsce postoju znajdowało się w Mroczkach - Radwanach, kilkakrotnie udało mu się uniknąć aresztowania przez NKWD. Organizuje w miastach powiatu komórki ZWZ oraz zalążki przyszłych komend obwodowych ZWZ. Do sierpnia 1940 r., był zastępcą komendanta okręgu białostockiego ZWZ mjr Feliksa Banasińskiego, który w sierpniu 1940 r., został aresztowany przez NKWD.
    Po zaprzysiężeniu na rotę ZWZ pełnił od sierpnia do października 1940 r., obowiązki Komendanta Okręgu Białystok ZWZ. W tym okresie zorganizował całkowicie powiat łomżyński, szczuciński, wysoko-mazowiecki, oraz część powiatu Ostrołęka i Ostrów Mazowiecki. Zainicjował prace na terenie innych powiatów, m.in.: Bielsk Podlaski, Augustów, Białystok, Sokółka, Wołkowysk i Grodno.
     Brał udział w kilku akcjach bojowych. Zorganizował bazę przerzutową, która miała specjalnych przewodników, szczególnie pilnował łączności. W sierpniu 1940 r., został w Warszawie odznaczony przez gen. "Grota" Krzyżem Walecznych. Od października tego roku był szefem Oddziałów I i IV w organizowanym przez ppłk J. Spychalskiego ps. "Samura" sztabie Obszaru nr 2 Białystok.
     W nocy z 17 na 18 października 1940 r., podczas noclegu we wsi Morusy k. Tykocina, w czasie podróży do Wilna (inspekcja obwodów), razem z płk Józefem Spychalskim został aresztowany przez NKWD. Aresztowanie nastąpiło na skutek zdrady. Więziony w Białymstoku potem w Mińsku, gdzie został zdekonspirowany przez aresztowanego wcześniej szefa Oddziału II Komendy Obszaru Białystok "Stefana". Później był więziony w moskiewskiej katowni na Łubiance, gdzie przesłuchiwał go sam Beria.
     12 czerwca 1941 r., został uwięziony na Butyrkach, gdzie umieszczono go w izolatce. 24 czerwca 1941 r., skazany przez Najwyższy Sąd Wojenny NKWD na karę śmierci za organizowanie antykomunistycznej konspiracji. Zwolniony w sierpniu 1941 roku. na podstawie układu Sikorski - Majski.
    13 VIII 1941r. wstępuje do Armii gen. Władysława Andersa, gdzie zostaje szefem kancelarii Naczelnego Dowództwa. Ewakuowany z Moskwy do Buzułuku, przybywa do Kujbyszewa, gdzie m.in. spotyka się z gen. Władysławem Sikorskim, by ostatecznie przez Archangielsk i Murmańsk trafić do Londynu (w sierpniu 1941 roku. Razem z częścią innych byłych więźniów przepłynął z Murmańska do Wielkiej Brytanii).
       Po krótkim odpoczynku zostaje skierowany na szkolenie wojsk pancernych do I dywizjonu pociągów pancernych "D". Odbywa również krótkie szkolenie spadochronowe dołączając tym samym do elitarnego grona cichociemnych. Awansowany na porucznika ze starszeństwem od 17 lutego 1943r. Przed powrotem do kraju wykonał 12 skoków. Trzynasty, uważany przez spadochroniarzy za pechowy, okazał się dla Iglewskiego tym najważniejszym, dzięki któremu wrócił do kraju.
     W nocy z 17 na 18 lutego 1943 roku został zrzucony na terytorium kraju, 14 km na południowy wschód od Mińska Mazowieckiego koło miejscowości Cegłów (operacja lotnicza "Wall"; dowódca kpt. naw. Mieczysław Kuźmicki; Ekipa XXI - zespół 2; ppor. Antoni Iglewski "Vanadi", ppor. Tadeusz Jaworski "Gont", ppor. Władysław Wiśniewski "Wróbel", ppor. Antoni Żychiewicz "Przerwa"). Po przyjeździe do Warszawy spotkał się z gen. Grotem-Roweckim i Bolesławem Piaseckim. Do końca 1943 roku był w dyspozycji KG AK. Następnie po krótkim okresie przygotowawczym został skierowany przez gen. Grota-Roweckiego do pracy w komendzie Okręgu Armii Krajowej Kraków.